CIR CII : différences, cumul et choix du bon crédit d'impôt pour votre startup

Vous développez un produit tech et vous hésitez entre CIR et CII : faut-il tout déclarer en recherche, basculer une partie en innovation, ou cumuler les deux ? Le choix entre CIR CII n'est pas qu'une affaire de taux. Il dépend de la nature exacte de vos travaux, de la taille de votre entreprise et de la qualité de votre documentation. Mal qualifié, un projet peut perdre une partie de son crédit, ou pire, être redressé lors d'un contrôle, parfois au moment où vous préparez votre série A.

Ce guide pose la frontière entre recherche et innovation telle que la lit l'administration, compare assiettes et taux en vigueur en 2026, montre comment ventiler un même projet sur les deux dispositifs avec un cas chiffré, et liste les erreurs de qualification les plus coûteuses. Il se termine par un arbre de décision utilisable pour une startup SaaS comme pour une deeptech.

Chez DIGIFEC, cabinet d'expertise comptable dédié aux startups et entreprises innovantes, nous structurons chaque année des dossiers de crédit d'impôt pour des fondateurs qui veulent optimiser leur financement non dilutif sans prendre de risque fiscal inutile.

CIR CII : quelle est la différence en une phrase ?

Le crédit d'impôt recherche (CIR) finance la production de connaissances nouvelles : il récompense l'effort pour lever un verrou scientifique ou technique. Le crédit d'impôt innovation (CII) finance la conception d'un produit nouveau : il récompense l'effort pour transformer une idée ou une technologie en un prototype de produit absent du marché. Autrement dit, le CIR porte sur l'incertitude, le CII sur la nouveauté du produit.

Les deux dispositifs figurent dans le même article du Code général des impôts, l'article 244 quater B du CGI. Juridiquement, le CII n'est pas un crédit autonome : les dépenses d'innovation des PME « entrent dans la base de calcul du crédit d'impôt recherche », avec un taux et un plafond propres. C'est pour cela qu'ils se déclarent sur le même formulaire et que l'on parle souvent du CII comme d'une « extension » du CIR.

Qui peut en bénéficier ?

Le CIR est ouvert à toute entreprise industrielle, commerciale ou agricole imposée d'après son bénéfice réel, quelle que soit sa taille. Le CII est réservé aux entreprises qui satisfont à la définition européenne des micro, petites et moyennes entreprises. Une scale-up qui dépasse ces critères, ou qui appartient à un groupe qui les dépasse, perd l'accès au CII mais garde le CIR. Les micro-entrepreneurs, eux, sont exclus du CIR, comme le rappelle la fiche Entreprendre.Service-Public consacrée au crédit d'impôt recherche.

Où passe la frontière entre recherche et innovation ?

C'est la question qui conditionne tout le reste. L'administration ne regarde pas le secteur, ni le caractère « tech » de votre startup : elle regarde la démarche suivie dans chaque phase du projet.

Ce qui relève de la recherche (CIR)

Le CIR couvre trois catégories d'opérations : la recherche fondamentale, la recherche appliquée et le développement expérimental. Dans une startup, c'est presque toujours cette dernière qui est en jeu. Le critère décisif est l'existence d'une incertitude : au démarrage des travaux, ni vous ni un professionnel compétent du domaine ne savez si le résultat est atteignable, ni comment. Il faut pouvoir décrire l'état de l'art, montrer pourquoi les solutions connues ne suffisent pas, puis exposer les hypothèses testées, les échecs et les résultats.

Ce qui relève de l'innovation (CII)

Le CII vise les opérations de conception de prototypes ou d'installations pilotes de nouveaux produits. Le texte apporte deux précisions essentielles. D'abord, le nouveau produit est un bien corporel ou incorporel qui n'est pas encore mis à disposition sur le marché et qui se distingue des produits existants par des performances supérieures sur le plan technique, de l'écoconception, de l'ergonomie ou de ses fonctionnalités. Ensuite, le prototype ou l'installation pilote n'est pas destiné à être mis sur le marché : il sert de modèle, de démonstrateur ou de banc d'essai.

Il n'est donc pas nécessaire de lever un verrou scientifique : il suffit de démontrer la supériorité du produit par rapport à l'offre existante, ce qui suppose une étude de marché ou un benchmark concurrentiel sérieux. Un logiciel SaaS peut être concerné, puisque le texte vise les biens incorporels.

Ce qui ne relève ni de l'un ni de l'autre

Le développement courant avec des technologies maîtrisées, l'ajout de fonctionnalités standard, le paramétrage, la maintenance corrective, l'intégration d'API connues, le design graphique pur, les tests utilisateurs marketing ou la mise en production d'un produit déjà commercialisé n'ouvrent droit à aucun des deux crédits. C'est souvent sur cette zone grise que se concentrent les redressements.

Quels taux et quelle assiette pour le CIR et le CII en 2026 ?

Les chiffres ci-dessous sont ceux de l'article 244 quater B dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 2026, dans sa rédaction issue de la loi n° 2026-103 du 19 février 2026.

L'assiette du CIR

Le CIR est égal à 30 % de la fraction des dépenses de recherche inférieure ou égale à 100 millions d'euros, et à 5 % au-delà ; le premier taux est porté à 50 % pour les dépenses exposées dans des exploitations situées dans un département d'outre-mer. Les principales dépenses retenues sont :

• les dépenses de personnel des chercheurs et techniciens de recherche affectés directement et exclusivement aux opérations de recherche ;
• les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l'état neuf et affectées directement à la recherche ;
• les frais de fonctionnement, fixés forfaitairement à 40 % des dépenses de personnel et 75 % des dotations aux amortissements ;
• les opérations de recherche sous-traitées à des organismes ou bureaux d'études agréés, retenues dans des limites spécifiques (notamment trois fois le montant des autres dépenses de recherche et un plafond global de 2 millions d'euros par an, relevé dans certains cas) ;
• la moitié des dépenses de normalisation liées aux produits de l'entreprise.

Pour le détail du calcul et des nouveautés de l'année, voyez notre guide sur le calcul du crédit d'impôt recherche en 2026. Le dispositif « jeune docteur », qui doublait autrefois les salaires des docteurs recrutés, ne figure plus dans le texte ; nous expliquons comment valoriser malgré tout vos profils PhD dans notre article sur la suppression du dispositif jeune docteur.

L'assiette du CII

Le crédit d'impôts innovation est égal à 20 % des dépenses éligibles en métropole. Ce taux est porté à 60 % dans les départements d'outre-mer et, en Corse, à 35 % pour les moyennes entreprises et 40 % pour les petites. Les dépenses retenues sont :

• les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l'état neuf et affectées directement à la conception de prototypes ou d'installations pilotes ;
• les dépenses de personnel directement et exclusivement affecté à ces opérations ;
• les frais de prise, de maintenance et de défense des brevets et certificats d'obtention végétale, ainsi que les frais de dépôt de dessins et modèles liés à ces opérations ;
• les opérations confiées à des entreprises ou bureaux d'études agréés au titre de l'innovation.

Ces dépenses sont retenues dans la limite globale de 400 000 € par an, soit un CII maximum de 80 000 € par an en métropole. Point d'attention : dans la version en vigueur en 2026, le texte ne prévoit plus de forfait de frais de fonctionnement pour les dépenses d'innovation, alors qu'il en existe un pour la recherche. À dépense de personnel égale, l'écart entre les deux crédits est donc plus large que la seule différence de taux. Notre fiche dédiée détaille l'éligibilité et le calcul du CII.

Combien rapporte réellement chaque dispositif à dépense égale ?

Comparer 30 % et 20 % ne suffit pas. Prenons une même dépense de personnel de 100 000 € et regardons le crédit obtenu dans chaque cas.

• En CIR : 100 000 € de salaires chargés + 40 000 € de forfait de fonctionnement = 140 000 € d'assiette, soit 140 000 € × 30 % = 42 000 € de crédit.
• En CII : 100 000 € d'assiette (pas de forfait), soit 100 000 € × 20 % = 20 000 € de crédit.

Une heure de travail qualifiée en recherche rapporte donc environ deux fois plus qu'en innovation. C'est précisément ce qui crée la tentation de tout déclarer en CIR. Mais cette arithmétique ne vaut que si la qualification tient : un CIR rejeté faute de verrou ne rapporte rien et génère des intérêts de retard.

Comment cumuler CIR et CII sur un même projet ?

Le cumul est expressément possible : une PME peut déclarer la même année des dépenses de recherche et des dépenses d'innovation, y compris pour un même produit. La règle d'or est simple : une dépense ne peut entrer que dans une seule assiette.

Découper le projet en lots

La méthode consiste à séquencer le projet en lots de travaux identifiés, chacun rattaché à un seul dispositif. Un schéma fréquent dans une startup tech ressemble à ceci :

1. Lot de recherche : identification du verrou, revue de l'état de l'art, conception et test des hypothèses (CIR).
2. Lot de développement expérimental : expérimentations jusqu'à la levée ou non du verrou (CIR).
3. Lot de prototypage : intégration de la technologie dans un prototype de produit, tests de performance face aux offres concurrentes (CII).
4. Lot d'industrialisation : mise en production, commercialisation, support (hors CIR et CII).

La frontière entre lots doit être datée et justifiée par des livrables : rapport de fin de phase, compte rendu de réunion technique, version taguée dans votre gestionnaire de code. Elle se matérialise ensuite dans les feuilles de temps : un développeur peut passer 60 % de son temps sur le lot recherche et 40 % sur le lot prototype, à condition que ce partage soit tracé.

Répartir le personnel

Les textes exigent que le personnel soit affecté « directement et exclusivement » aux opérations éligibles. En pratique, cela s'entend au prorata du temps réellement consacré. Évitez les clés forfaitaires décidées en fin d'année : l'administration attend un suivi contemporain des travaux, par exemple des tickets étiquetés par lot dans votre outil de gestion de projet.

Déduire les subventions au bon endroit

Les subventions publiques reçues pour les opérations éligibles sont déduites de l'assiette, qu'elles soient définitivement acquises ou remboursables. Si une aide Bpifrance finance la phase de prototypage, elle se déduit de l'assiette CII, pas de l'assiette CIR.

Cas pratique : ventiler le projet d'une startup SaaS sur le CIR et le CII

Nexa Analytics, startup SaaS de 14 salariés (PME au sens européen), développe une solution de détection d'anomalies sur des flux de données industrielles. Son projet de l'année comporte trois lots :

• Lots 1 et 2 (recherche) : concevoir un modèle capable de détecter des anomalies en temps réel sur des séries très bruitées, avec un taux de faux positifs que les approches publiées n'atteignent pas. L'équipe documente l'état de l'art, teste trois architectures, en abandonne deux. Coût : 180 000 € de salaires chargés de chercheurs et 10 000 € d'amortissement d'un serveur de calcul dédié. Une subvention publique de 20 000 € a été perçue pour cette phase.
• Lot 3 (innovation) : une fois le modèle validé, construire un prototype de plateforme intégrant le moteur, avec une interface de supervision et des connecteurs, et le confronter à trois solutions concurrentes. Coût : 120 000 € de salaires chargés de l'équipe produit et 5 000 € d'amortissement de matériel de test.

Le calcul se déroule ligne par ligne :

Le crédit total atteint 99 850 €. Comme Nexa Analytics est une PME au sens européen, elle peut demander le remboursement immédiat de la créance si elle n'a pas d'impôt sur les sociétés à payer, conformément à l'article 199 ter B du CGI.

Et si tout avait été déclaré en CIR ?

Si Nexa Analytics avait déclaré le lot 3 en CIR, elle aurait retenu 120 000 € + 48 000 € (forfait de 40 %) + 3 750 € (forfait de 75 % sur 5 000 €) + 5 000 € = 176 750 €, soit 53 025 € de crédit au lieu de 25 000 €. Le gain apparent est de 28 025 €. Mais le prototypage d'une interface et de connecteurs, avec des technologies maîtrisées, ne comporte aucune incertitude technique : en cas de contrôle, ce lot serait rejeté du CIR. Selon les circonstances, il pourrait être difficile de le « repêcher » en CII si la documentation (étude de marché, benchmark, démonstration de supériorité) n'a pas été constituée au fil de l'eau. Le gain de 28 025 € se transforme alors en perte de 25 000 €, plus les intérêts de retard.

Et si tout avait été déclaré en CII ?

Imaginons à l'inverse que Nexa Analytics, par prudence, ait tout déclaré en CII. L'assiette aurait été de 190 000 € (lots 1 et 2, sans forfait) + 125 000 € (lot 3) − 20 000 € de subvention = 295 000 €, sous le plafond de 400 000 €. Le crédit serait tombé à 295 000 € × 20 % = 59 000 €, soit 40 850 € de moins que la ventilation fine. Sous-qualifier une vraie démarche de recherche coûte donc presque autant que la surqualifier. La ventilation par lots est la seule option à la fois rentable et défendable.

Quelles erreurs de qualification l'administration redresse-t-elle ?

Les contrôles portent rarement sur l'arithmétique, mais sur la qualification des travaux et la justification des dépenses. Voici les erreurs que nous rencontrons le plus souvent.

1. Confondre nouveauté commerciale et incertitude technique

Être le premier sur un marché ne fait pas de votre développement une opération de recherche. Si la difficulté est de réaliser un produit que personne n'a encore lancé, mais avec des briques techniques connues, on est dans le champ du CII, pas du CIR.

2. Absence d'état de l'art

Un dossier CIR sans revue bibliographique ni analyse des solutions existantes est très fragile. L'état de l'art doit être daté du début des travaux et montrer pourquoi les connaissances accessibles ne permettaient pas de résoudre le problème.

3. Absence de démonstration de supériorité pour le CII

Symétriquement, un dossier CII doit démontrer que le produit n'existe pas encore sur le marché et qu'il surpasse les offres concurrentes sur des critères mesurables. Une simple affirmation commerciale ne suffit pas : il faut un benchmark structuré, des indicateurs, des tests comparatifs.

4. Déclarer tout le personnel technique

Seul le temps réellement passé sur les lots éligibles est retenu. Les heures de maintenance, de support client, de DevOps courant ou de gestion de projet non technique doivent être exclues. Déclarer 100 % du temps d'une équipe produit est presque toujours injustifiable.

5. Oublier les subventions et les frais de conseil

Les aides publiques doivent être déduites de l'assiette du lot qu'elles financent. Les frais de conseil versés pour obtenir le crédit sont eux aussi déduits de l'assiette au-delà d'un certain niveau : le texte retient le plus élevé de 15 000 € HT et de 5 % des dépenses éligibles (diminuées des subventions).

6. Déclarer au CII alors que l'entreprise n'est plus une PME

Après une levée importante ou une prise de participation par un groupe, une startup peut perdre sa qualité de PME au sens européen, les liens capitalistiques étant pris en compte. Le CII devient alors inaccessible. Vérifiez ce point à chaque exercice.

Comment déclarer et sécuriser son CIR et son CII ?

Les deux crédits se déclarent sur le formulaire 2069-A-SD. Pour une société à l'impôt sur les sociétés, il est déposé avec le relevé de solde, au plus tard le 15 du quatrième mois suivant la clôture de l'exercice. Pour une entreprise à l'impôt sur le revenu, il accompagne la déclaration de résultats. Les entreprises qui engagent plus de 10 millions d'euros de dépenses doivent fournir des informations complémentaires sur le formulaire 2069-A-1-SD.

Imputation ou remboursement

Le crédit s'impute d'abord sur l'impôt dû au titre de l'année. L'excédent constitue une créance sur l'État, utilisable pour payer l'impôt des trois années suivantes, puis remboursée. Plusieurs catégories d'entreprises peuvent toutefois en obtenir le remboursement immédiat :

• les PME répondant à la définition européenne ;
• les jeunes entreprises innovantes (voir notre guide sur le statut JEI en 2026) ;
• les entreprises nouvelles, pour l'année de création et les quatre années suivantes, sous conditions de détention du capital ;
• les entreprises en procédure de conciliation, de sauvegarde, de redressement ou de liquidation judiciaire.

Le dossier justificatif

Le dossier technique n'a pas à accompagner la déclaration, mais vous devez pouvoir produire un dossier justificatif en cas de contrôle. Pour chaque lot, il comprend : la description du projet, l'état de l'art (CIR) ou l'analyse du marché et des concurrents (CII), la démarche suivie, les résultats, la liste des personnes affectées avec leurs diplômes et leur temps passé, ainsi que le détail des dépenses. Rédigez-le au fil de l'eau, pas au moment du contrôle.

Le rescrit pour sécuriser en amont

Si un projet est à la frontière des deux dispositifs, le rescrit fiscal permet d'interroger l'administration sur l'éligibilité avant ou pendant les travaux. Sa réponse l'engage. Nous détaillons la procédure et le traitement comptable du crédit dans notre article sur le rescrit et la comptabilisation du CIR.

Arbre de décision : CIR, CII ou les deux pour votre startup ?

Posez-vous ces quatre questions, lot par lot : elles évitent les erreurs de principe.

Startup SaaS : souvent du CII, parfois du CIR

La majorité des startups SaaS développent des produits nouveaux à partir de technologies éprouvées. Leur terrain naturel est le CII, à condition de rester une PME et de documenter la supériorité du produit. Le CIR devient pertinent lorsqu'un vrai verrou apparaît : passage à l'échelle inédit, algorithme d'optimisation original, traitement de données sans solution connue. Dans ce cas, isolez ce verrou dans un lot spécifique.

Deeptech : le CIR d'abord, le CII ensuite

Une deeptech issue d'un laboratoire a souvent l'essentiel de ses dépenses en CIR pendant ses premières années : preuve de concept, développement expérimental, essais. Le CII prend le relais quand la technologie est stabilisée et que l'entreprise construit un démonstrateur ou une installation pilote. Anticipez cette bascule dans votre business plan : le crédit diminue mécaniquement lorsque les dépenses passent de la recherche à l'innovation.

Checklist : 8 actions pour optimiser votre CIR et votre CII

1. Cartographiez vos projets en début d'année et découpez-les en lots recherche, innovation et hors champ.
2. Rédigez l'état de l'art avant de lancer chaque lot de recherche, et le benchmark concurrentiel avant chaque lot d'innovation.
3. Mettez en place des feuilles de temps par lot, mensuelles au minimum, signées ou validées par les collaborateurs.
4. Taguez les dépenses en comptabilité analytique : salaires, amortissements, sous-traitance, brevets.
5. Vérifiez votre qualité de PME à chaque exercice, en intégrant les participations des investisseurs.
6. Recensez les subventions perçues et rattachez-les au lot qu'elles financent.
7. Contrôlez le plafond de 400 000 € de dépenses d'innovation et l'agrément des sous-traitants.
8. Constituez le dossier justificatif au fil de l'eau et envisagez un rescrit pour les projets à la frontière.

En résumé : choisir entre CIR et CII, c'est d'abord qualifier ses travaux

Le CIR récompense la levée d'une incertitude scientifique ou technique, à 30 % avec un forfait de fonctionnement généreux. Le CII récompense la conception d'un prototype de produit nouveau, à 20 % dans la limite de 400 000 € de dépenses par an, et reste réservé aux PME jusqu'au 31 décembre 2027. Les deux se cumulent, à condition de découper le projet en lots et de ne jamais compter deux fois la même dépense.

La rentabilité d'un dossier se joue moins sur le taux que sur la solidité de la qualification. Pour sécuriser votre stratégie et ventiler vos projets entre les deux dispositifs, découvrez notre accompagnement en optimisation fiscale des entreprises innovantes (CIR, CII, JEI).

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