Crédit d'impôt recherche 2026 : ce qui change et comment le calculer

Le crédit d'impôt recherche 2026 reste le premier levier de financement non dilutif des startups deeptech, des éditeurs SaaS qui développent des briques algorithmiques et des scale-ups industrielles. Mais son mode de calcul n'est plus celui que beaucoup de fondateurs ont en tête : la loi de finances pour 2025 a réduit l'assiette sur plusieurs points, et ces changements produisent leur premier effet sur une année civile complète avec les dépenses de 2026.

Dans ce guide, vous trouverez ce qui a réellement changé, ce qui n'a pas bougé, la méthode de calcul poste par poste, un cas pratique chiffré pas à pas et les erreurs qui coûtent le plus cher lors d'un contrôle.

Chez DIGIFEC, cabinet d'expertise comptable dédié aux startups et aux entreprises innovantes, nous préparons chaque année des dossiers de CIR et de CII pour des sociétés à des stades très différents, du pré-amorçage à la scale-up.

Qu'est-ce que le crédit d'impôt recherche et qui peut en bénéficier ?

Le crédit d'impôt recherche (CIR), prévu à l'article 244 quater B du code général des impôts, est une réduction d'impôt calculée sur les dépenses de recherche engagées par l'entreprise. Il peut être imputé sur l'impôt dû, reporté ou remboursé : c'est ce qui le rend si précieux pour une startup encore déficitaire, qui ne paie pas d'impôt sur les sociétés mais peut tout de même encaisser son crédit.

Peuvent en bénéficier les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles soumises à un régime réel d'imposition, à l'impôt sur les sociétés ou à l'impôt sur le revenu. Les entreprises exonérées au titre de certains régimes, notamment la jeune entreprise innovante, y ont également accès.

Les opérations de recherche éligibles

Trois catégories d'opérations ouvrent droit au crédit : la recherche fondamentale, la recherche appliquée et le développement expérimental. Le critère décisif est l'existence d'une incertitude scientifique ou technique que l'état de l'art ne permet pas de lever, et d'une démarche structurée pour la résoudre. Une fonctionnalité SaaS développée avec des technologies maîtrisées n'est pas de la recherche.

CIR, CII et JEI : trois dispositifs qui se combinent

Le CIR couvre la recherche ; le crédit d'impôt innovation (CII), réservé aux PME, couvre la conception de prototypes ou d'installations pilotes de produits nouveaux. Pour l'articulation avec les exonérations sociales, consultez notre guide sur le statut JEI en 2026 et ses conditions.

Crédit d'impôt recherche 2026 : qu'est-ce qui change concrètement ?

La réforme structurante date de la loi n° 2025-127 du 14 février 2025 de finances pour 2025. Ses articles 55 à 58 ont modifié l'article 244 quater B. La plupart des mesures s'appliquent aux dépenses exposées à compter du lendemain de la promulgation, soit le 15 février 2025 : l'exercice 2025 a donc été une année « à cheval », et 2026 est la première année civile entièrement soumise aux nouvelles règles.

La loi de finances pour 2026 (loi n° 2026-103 du 19 février 2026) n'a pas remis en cause cet équilibre. La version de l'article 244 quater B en vigueur depuis le 1er janvier 2026 résulte de son article 42, qui procède à des ajustements de coordination : le taux de 30 %, le seuil de 100 millions d'euros, le forfait de 40 % et les plafonds de sous-traitance restent ceux issus de la réforme de 2025.

Le forfait de frais de fonctionnement passe de 43 % à 40 %

Les frais de fonctionnement ne sont pas déclarés au réel : ils sont fixés forfaitairement à un pourcentage des dépenses de personnel et des amortissements. La part assise sur les dépenses de personnel est passée de 43 % à 40 %, celle assise sur les amortissements reste à 75 %. Concrètement, pour 100 000 € de dépenses de personnel éligibles, le forfait baisse de 3 000 €, soit 900 € de crédit en moins au taux de 30 %.

La fin du régime de faveur des jeunes docteurs

Le texte en vigueur ne contient plus aucune majoration pour les titulaires d'un doctorat recrutés en premier CDI. Un docteur reste naturellement éligible comme chercheur, mais ses dépenses de personnel sont désormais retenues pour leur montant réel, sans coefficient spécifique, et entrent dans le forfait de 40 % comme celles de tout autre chercheur. Pour une deeptech qui recrutait beaucoup de PhD, c'est souvent la mesure la plus coûteuse.

Brevets et veille technologique sortent du CIR

Les frais de prise, de maintenance et de défense des brevets, ainsi que les dotations aux amortissements des brevets acquis, ne figurent plus dans l'assiette du CIR. Les dépenses de veille technologique ont également disparu. Pour les PME, les frais de prise et de maintenance de brevets et leur défense restent toutefois éligibles au volet innovation, dans la limite de son propre plafond.

Les aides publiques à déduire sont précisées

Les subventions publiques reçues pour les opérations éligibles doivent être déduites de la base de calcul, qu'elles soient définitivement acquises ou remboursables. La loi de finances pour 2025 a précisé qu'il s'agit des aides versées par des personnes publiques ou chargées d'une mission de service public. Une avance remboursable est réintégrée l'année de son remboursement.

Le volet innovation (CII) recule à 20 %

Pour les PME, le taux du crédit d'impôt innovation est ramené de 30 % à 20 % pour les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2025, et le dispositif est prorogé jusqu'au 31 décembre 2027. Le plafond de dépenses reste fixé à 400 000 € par an, ce qui limite le CII à 80 000 € par an en métropole. Le taux est porté à 60 % dans les départements d'outre-mer et, en Corse, à 35 % pour les moyennes entreprises et 40 % pour les petites.

Quels taux et quels plafonds s'appliquent en 2026 ?

Le taux de droit commun est de 30 % pour la fraction des dépenses de recherche inférieure ou égale à 100 millions d'euros, et de 5 % au-delà. Pour les dépenses exposées dans des exploitations situées dans un département d'outre-mer, le premier taux est porté à 50 %. Il n'existe pas de taux majoré pour les PME en métropole.

Le seuil de 100 millions d'euros s'apprécie sur l'ensemble des dépenses de recherche de l'entreprise. En pratique, il ne concerne que les très grands acteurs ; pour une startup ou une scale-up, tout le crédit est calculé à 30 %.

Quelles dépenses entrent dans le calcul du crédit d'impôt recherche ?

L'assiette est définie limitativement au II de l'article 244 quater B. Ce qui n'y figure pas n'est pas éligible, même si la dépense est utile au projet : loyers, licences courantes ou déplacements sont réputés couverts par le forfait de fonctionnement.

Les dépenses de personnel, cœur de l'assiette

Dans une startup, les dépenses de personnel représentent souvent l'essentiel du CIR, d'autant qu'elles entraînent le forfait de 40 %. Sont retenus les chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations éligibles. Cette exclusivité s'apprécie au temps passé : un ingénieur qui consacre la moitié de son année à un projet de recherche et l'autre moitié à la maintenance du produit n'est retenu que pour 50 % de son coût.

Un dirigeant qui participe effectivement aux travaux de recherche peut être retenu pour le temps qu'il y consacre, à condition de pouvoir le justifier.

Les amortissements et le forfait de 75 %

Seules les immobilisations créées ou acquises à l'état neuf et affectées directement à la recherche sont retenues, y compris celles servant à concevoir des prototypes ou des installations pilotes. Un serveur de calcul acheté neuf et dédié à l'entraînement de modèles entre dans l'assiette ; une capacité de calcul louée dans le cloud est une charge externe, qui n'est pas retenue en tant que telle.

La sous-traitance auprès d'organismes agréés

Les opérations confiées à des organismes ou à des experts scientifiques et techniques agréés par le ministère chargé de la recherche sont éligibles, dans la limite de trois fois le montant des autres dépenses de recherche, puis d'un plafond global de 2 millions d'euros par an, porté à 10 millions d'euros en l'absence de lien de dépendance avec le prestataire. Vérifiez l'agrément du prestataire pour l'année concernée : notre article sur l'agrément CIR et la façon de l'obtenir détaille la démarche.

Les déductions à opérer avant d'appliquer le taux

Deux déductions s'imposent. D'abord, les aides publiques reçues pour les opérations éligibles. Ensuite, une partie des honoraires de conseil versés pour obtenir le crédit : la rémunération fixée en proportion du crédit, et les autres honoraires pour la fraction qui dépasse le plus élevé des deux montants suivants, 15 000 € HT ou 5 % des dépenses éligibles HT diminuées des subventions. Un conseil rémunéré au pourcentage réduit donc mécaniquement votre crédit.

Comment calculer son crédit d'impôt recherche pas à pas ?

Le calcul du crédit d'impôt recherche suit toujours le même ordre.

1. Délimiter les projets éligibles : incertitude technique, état de l'art, démarche expérimentale.
2. Calculer les dépenses de personnel par salarié, au prorata du temps passé sur ces projets, charges sociales comprises.
3. Recenser les amortissements des équipements neufs affectés à la recherche, sur l'année civile.
4. Appliquer le forfait de fonctionnement : 40 % du personnel et 75 % des amortissements.
5. Ajouter la sous-traitance agréée après application de la limite de trois fois les autres dépenses et des plafonds.
6. Déduire les aides publiques et, le cas échéant, la part excédentaire des honoraires de conseil.
7. Appliquer le taux : 30 % jusqu'à 100 millions d'euros, 5 % au-delà, 50 % sur la première tranche dans les DOM.

Attention à la période de calcul : le CIR se calcule par année civile, du 1er janvier au 31 décembre, quelle que soit la date de clôture de l'exercice. Une société qui clôture au 30 juin doit donc reconstituer ses dépenses de recherche sur l'année civile, ce qui suppose un suivi des temps et des coûts mensualisé.

Cas pratique : le calcul du CIR 2026 d'une startup deeptech

Prenons Nexalys, une SAS fictive de 14 salariés qui développe un moteur de détection d'anomalies pour l'industrie, fondé sur des modèles d'apprentissage frugaux. Elle clôture au 31 décembre, est implantée en métropole et répond à la définition européenne de la PME. Son équipe partage son temps entre un projet de recherche documenté et le produit commercialisé.

Étape 1 : les dépenses de personnel

Après analyse des feuilles de temps, Nexalys retient cinq personnes : deux docteurs en apprentissage automatique affectés à 100 % au projet (coût chargé de 95 000 € chacun, soit 190 000 €), un ingénieur de recherche affecté à 80 % (coût chargé de 100 000 €, soit 80 000 € retenus), une technicienne de données affectée à 100 % (62 000 €) et le CTO, qui consacre 30 % de son temps au projet pour un coût chargé de 160 000 €, soit 48 000 € retenus. Total : 190 000 + 80 000 + 62 000 + 48 000 = 380 000 €.

Étape 2 : amortissements et forfait de fonctionnement

Nexalys a acheté neufs des serveurs de calcul dédiés au projet, dont la dotation aux amortissements de 2026 s'élève à 40 000 €. Le forfait de fonctionnement se calcule ainsi : 40 % × 380 000 € = 152 000 €, plus 75 % × 40 000 € = 30 000 €, soit 182 000 €.

Étape 3 : sous-traitance, aides et crédit final

La startup a confié à un laboratoire agréé une campagne d'essais pour 60 000 €. Ce montant est inférieur à trois fois les autres dépenses de recherche et au plafond de 2 millions d'euros : il est retenu en totalité. Les dépenses brutes atteignent 662 000 €. Nexalys a reçu de Bpifrance une aide de 50 000 € pour ce même projet, qui doit être déduite. L'assiette nette est de 612 000 €, et le crédit de 183 600 €.

Ce que la réforme a coûté à Nexalys

Avec le forfait de 43 % applicable avant la réforme, le forfait assis sur le personnel aurait été de 163 400 € au lieu de 152 000 €. L'assiette nette serait passée à 623 400 € et le crédit à 187 020 €, soit 3 420 € de plus. Dans une deeptech qui recrutait des docteurs en premier CDI, la suppression de leur régime de faveur pèse bien plus lourd que ces trois points de forfait.

Dernier point : en tant que PME, Nexalys peut demander le remboursement immédiat de sa créance de 183 600 €.

Comment le CIR est-il imputé, remboursé et intégré à votre trésorerie ?

Selon l'article 199 ter B du CGI, le crédit s'impute sur l'impôt dû au titre de l'année au cours de laquelle les dépenses ont été exposées. L'excédent constitue une créance sur l'État, utilisable pour payer l'impôt des trois années suivantes ; la fraction non utilisée à l'issue de ce délai est remboursée.

Le remboursement est immédiat pour plusieurs catégories d'entreprises : les PME au sens du droit européen, les jeunes entreprises innovantes, les entreprises nouvelles (pour l'année de création et les quatre années suivantes, sous conditions de détention du capital) et les entreprises en conciliation, sauvegarde, redressement ou liquidation judiciaire.

Pour une société à l'impôt sur les sociétés, la déclaration 2069-A-SD est déposée avec le relevé de solde, au plus tard le 15 du quatrième mois qui suit la clôture. La créance est en principe incessible, mais le code monétaire et financier prévoit des exceptions qui permettent sa mobilisation auprès d'un établissement de crédit, pratique courante pour préfinancer le CIR avant son encaissement.

Côté pilotage, le CIR est un encaissement décalé et incertain tant que le remboursement n'est pas reçu. Intégrez-le dans votre plan de trésorerie avec un scénario prudent, comme nous l'expliquons dans notre guide sur le cash burn et le runway d'une startup.

Quelles erreurs font perdre tout ou partie du crédit ?

Les contrôles visent l'éligibilité des projets, la réalité du temps passé et la cohérence entre le dossier technique et les montants déclarés.

• Confondre innovation produit et recherche : déclarer en CIR le développement d'une fonctionnalité sans verrou technique identifié. Selon le cas, ces dépenses relèvent du CII ou d'aucun dispositif.
• Reconstituer les temps a posteriori : des feuilles de temps remplies en fin d'année, au forfait, sans lien avec les tickets, les commits ou les comptes rendus d'expérimentation.
• Garder les anciens paramètres : appliquer encore 43 % de forfait, majorer les jeunes docteurs ou intégrer des frais de brevets dans l'assiette du CIR.
• Oublier une aide publique : subvention régionale, aide européenne ou avance remboursable rattachée au projet et non déduite.
• Sous-traiter à un prestataire non agréé, ou dont l'agrément ne couvre pas l'année des travaux.
• Inclure des équipes hors zone : les opérations doivent être localisées dans l'Union européenne ou l'Espace économique européen.

Comment sécuriser son CIR face à un contrôle fiscal ?

La sécurisation commence dès le début de l'année, pas au moment de déclarer. Le dossier doit montrer à un expert du ministère chargé de la recherche l'incertitude initiale, la démarche suivie et les résultats obtenus.

La checklist d'un dossier défendable

• Un état de l'art daté et sourcé (publications, brevets, solutions existantes) qui démontre la limite des connaissances disponibles.
• Une description des verrous techniques et des hypothèses testées, projet par projet.
• Les feuilles de temps mensuelles signées, cohérentes avec les outils de gestion de projet.
• Les contrats de sous-traitance et les attestations d'agrément des prestataires.
• Le détail du calcul de l'assiette et sa réconciliation avec la comptabilité et la paie.

Le rescrit, une garantie à anticiper

L'article L80 B du livre des procédures fiscales permet de demander à l'administration si un projet est éligible. La demande doit être déposée au moins six mois avant la date limite de dépôt de la déclaration spéciale, et l'administration dispose de trois mois pour répondre de manière motivée ; à défaut, la garantie s'applique. Pour un projet pluriannuel, le délai court par rapport à la première déclaration. Nous détaillons cette démarche et le traitement comptable de la créance dans notre article sur le rescrit et la comptabilisation du CIR.

En résumé : un CIR moins généreux, mais toujours décisif

Le crédit d'impôt recherche 2026 conserve ses taux de 30 % et 5 %, mais son assiette s'est resserrée : forfait de fonctionnement à 40 %, fin du régime des jeunes docteurs, sortie des brevets et de la veille technologique, CII ramené à 20 %.

La méthode reste la clé : délimiter des projets réellement éligibles, documenter le temps passé au fil de l'eau, déduire les aides publiques et anticiper le remboursement dans la trésorerie.

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